Si contratas un servidor VPS y quieres utilizar  el servidor de DNS propio del servidor (en muchos casos tiene ventajas)  y no el del registrador, tienes que pedir al registrador de tu dominio o a la empresa  que te proporciona el VPS que te cree los registros NS1 y NS2 para tu dominio.

Si por ejemplo tienes tu dominio registrado en Acens, GoDaddy, Arsys, etc, lo ideal es que el registro NS lo creen ellos y que apunten a las direcciones IP de tu VPS, que siempre han de ser dos.

Una vez creados los registros NS1 y NS2 deberás ponerlos en el apartado de registros NS de tu registrador y en 48/72 horas serán visibles.